Durante los últimos 15 años, los científicos del GCMP han sondeado muchos de los arrecifes rocosos del Golfo de California y el Pacífico mexicano. Para evaluar la vida marina que habita debajo del agua, los buzos nadan a lo largo de líneas establecidas, llamadas transectos, y se van deteniendo a intervalos para contar el número de pescados e invertebrados que ven y calcular su tamaño individual.

Muestreo bajo el agua regular usando SCUBA permite a los científicos tomar muestras de hábitats sin dañarlos. Los peces se dejan en paz y los arrecifes sin tocar. A pesar de que requiere un gran esfuerzo logístico, el trabajo ha dado sus frutos para los científicos del GCMP ya que ahora tienen una base de datos a largo plazo que pueden utilizar para comprender realmente el estado de los arrecifes del Golfo.